Đến năm 2039, hiện tượng nóng lên toàn cầu đã khiến mực nước biển dâng cao và mất đi một lượng lớn lãnh thổ. Như để đáp lại, một nhóm tàu chiến bí ẩn phủ đầy sương mù, "Hạm đội Sương mù", xuất hiện ở mọi ngóc ngách của đại dương và bắt đầu tấn công tàu của con người. Mặc dù nhân loại đã tập trung toàn bộ sức mạnh nhưng họ vẫn bị đánh bại hoàn toàn trước sức mạnh áp đảo của Màn sương mù. Tất cả các tuyến đường thương mại của nhân loại đều bị Hạm đội Sương mù phong tỏa, nền kinh tế chính trị của họ bị phá hủy và loài người dần dần bị đánh bại. Bảy năm sau, tàu ngầm I-401 của Hạm đội Sương mù xuất hiện trước học viên Gunzo Chihaya. Thay vào đó, dạng sống hình người điều khiển tàu ngầm, kẻ lẽ ra là kẻ thù của họ, lại cung cấp dịch vụ của mình cho nhân loại.